sfs, спасибо.
Возьму на заметку.
Попробовал поиграться с командой
echo "...." > /etc/xdg/autostart/my.desktop
Работает, кстати только под суперпользователем (sudo su), а если вводить так
sudo echo "...." > /etc/xdg/autostart/my.desktop
то не работает.
Проще всего, наверное, будет просто скопировать имеющиеся файлы .desktop в /etc/xdg/autostart/ или в /etc/skel/.config/autostart/ если собирать свой дистрибутив.