MC отображает реальное имя файла *.desktop, а Nautilus отображает имя программы, прописанное внутри desktop-файла
...с учётом локали запущенного сеанса и наличия локализованного имени программы в *.desktop.
То есть, например, если ярлык
program.desktop содержит только
...
Name=Cool Game
...
то в Nautilus ярлык будет отображаться как "Cool Game" в сеансе с любой локалью.
Если ярлык
program.desktop содержит
...
Name=Cool Game
Name[ru]=Крутая игрулина
...
то в сеансе с английской локалью Nautilus будет отображать ярлык с именем "Cool Game", а в сеансе с русской локалью ярлык будет называться "Крутая игрулина".