PuppyRus унаследовал от своего предшественника Puppy Linux две оригинальные системы пакетов: .PET и .PUP. Они представляют собой файлы, сжатые по алгоритму gzip, внутри которых содержатся каталоги с заключёнными в них файлами для установки. Эти каталоги имеют названия и структуру такие же, как у стандартных каталогов в файловой системе UNIX.
Таким образом, процесс установки новых пакетов сопровождается распаковкой пакетов в корневой каталог. Программа-менеджер пакетов PetGet следит за процессом установки, регистрирует файлы, которые копируются из пакета в систему и записывает эти изменения в отдельном файле — журнале установки. После распаковки PetGet исполняет установочный скрипт (сценарий), также содержащийся внутри пакета.
При удалении пакета PetGet, в соответствии с журналом его установки, удаляет все файлы, происходящие от него. После этого PetGet исполняет постустановочный скрипт (сценарий), который был заранее включён в пакет.
PetGet обладает слабыми механизмами отслеживания зависимостей, что делает систему пакетов PuppyRus в частности и Puppy Linux вообще похожей на таковую в дистрибутиве Slackware. Отчасти благодаря этому сходству, дистрибутив PuppyRus совместим с пакетами дистрибутива Slackware версии 12, для которых существует официальный репозиторий в Интернете. Для удобного управления пакетами Slackware в PuppyRus включен менеджер пакетов GSlapt, с помощью которого пользователи при подключении к Интернету могут в автоматическом режиме находить, скачивать и устанавливать пакеты из репозиториев Slackware 12.
