Я думаю нужно идти вперёд и делать на Gnome 3, а Shell или Fallback значения не имеет. Все должны помнить, что было при переходе KDE с 3.х на 4.х. А сейчас пользуются, нарадоваться не могут. Тогда-же предрекали "конец света" в связи с переходом с GTK2+ на GTK3+. Ничего, всё устаканится.
Ну, и, конечно-же, OpenBox