дело не в подключении как таковом, а в том сервере обновлений, который прописан в том же синаптике, попробуйте в источниках поставить основной сервер (не Россия!) или любой иной, у меня одно время нормально работало какое-то французское зеркало.
и еще, в момент обновления ОС, торренты там или скачивание в браузере не запущено ли?