В ответственных случаях, например обновлении дистрибутива 14.04.1=>14.04.3, это может вызвать проблемы, но можно явно запросить установку рекомендованных пакетов параметрами --install-recommends (для apt-get) или --with-recommends (для aptitude).
Для простоты управления сделал deb-пакет, вносящий данные настройки в файл /etc/apt/apt.conf.d/99_norecommends при установке и, соответственно, удаляющий их при своём удалении.
Рекомендую выполнять действия по удалению автоудаляемых пакетов через Synaptic, так как он ведёт историю установки-удаления. Можно предотвратить автоудаление важных пакетов, сняв с них через меню метку "Пакет - Установленный автоматически".
Установка через Gdebi/dpkg, удаление - через Synaptic/aptitude, имя пакета - apt-no-recommends.
Пакет apt-no-recommends
