Подобное (?) поведение происходит и при увисании и последующем прибивании wine-приложений, размещающих иконку в трее. Иногда иконка пропадает, оставляя пустое место, иногда остаётся "вмороженной" в трей навечно. При принудительном закрытии независшего приложения значок убирается, как правило, нормально.
Кардинальное решение -- перезапуск плугина трея. Другого не нашёл. Ну разве что рыться в исходниках -- я так понимаю, при закрытии плугин трея должен получать известие о том, что надо убрать и значок, и место под него, однако это сообщение отсутствует. В винде такое тоже имеет место быть, но там достаточно провести мышью поверх "зависшего" значка, и он исчезает, что говорит о другой логике обмена сообщениями между треем и приложением.
