Повозился немного, поразбирался. Пришёл к таким выводам.
По первой проблеме (автоматическое включение режима "В полёте"): непонятно что и непонятно из-за чего. Проблема исчзла сама собой. В очередной раз запустив систему, отключил режим "В полёте" в настройках, перезагрузил, и больше этот режим не включался.
По второй проблеме (неработающая правая кнопка сенсорной панели): скорее всего, причина в ядре версии 3.2, точнее, в драйвере сенсорной панели, входящем в состав ядра. В Runtu XFCE 201207 (ядро linux 3.2) проблема также была, а вот в Runtu LITE 20130310 (ядро linux 3.5) обе кнопки сенсорной панели работают нормально (добавлю также, что в Lubuntu 13.04 с ядром linux 3.8 проблема также отсутствует). Таким образом, предполагаю, что в обновлённых версиях Runtu (GNOME 201308, XFCE 201303, LITE 20130408 и LITE 201303010) сенсорная панель будет функционировать как положено (хотя первые три из указанных систем не проверял; буду благодарен, если кто проверит и напишет о результатах).
По третьей проблеме (регулировка яркости): написал краткое
руководство по регулировке яркости подсветки экрана.
По четвёртой проблеме (функциональные клавиши): выяснил, что клавиша F2 (включение или отключение Wi-Fi) тоже работает.
По-видимому, зависит всё это от конкретных программ и требует настройки. Например, через средства управления "горячими" клавишами.
Обнаружилась ещё одна проблема: системы, в основе которых лежит ядро linux 3.2, почему-то внезапно зависают во время работы, причём наглухо (не помогает даже Alt+SysRq+r-e-i-s-u-b), то есть причина предположительно в неполадках на уровне ядра. Системы с Linux 3.5 и выше (из Runtu это версии GNOME 201308, XFCE 201303, LITE 20130408, LITE 20130310) вроде бы работают без таких проблем.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------
Теперь ещё немного о EFI.
Я установил систему с созданием новой MBR и разделов как обычно (swap,/,/home). Перезагрузка - и народная индейская изба - с внешних носителей грузится, винта не видит.
Тогда я решил установить систему в режеме "secure boot" - отрезал от свопа кусочек и создал раздел FAT с флагом boot. <...> Ноут мне обратно привезли, я с помощью gparted опять откусил от swap кусочек под FAT, никаких других манипуляций не производил и комп начал грузиться! 
К сожалению, у нас нет возможности проверить, включен ли на том ноутбуке "режим совместимости" с BIOS (доступен в некоторых реализациях UEFI, хотя уже начал исчезать). Предполагаю, что система всё-таки установилась именно в этом режиме (совместимости с BIOS), а не в режиме EFI.
Читал, что иногда для успешной загрузки в таких ситуациях зачем-то все равно нужно создать раздел EFI, хотя бы пустой, иначе в режиме совместимости по непонятной причине не грузится (баг?). Таким образом, вы поставили систему в режиме совместимости с BIOS, создали тот самый непонятно зачем нужный в такой ситуации EFI-раздел - вот поэтому и загрузилось.
Потом, запустил boot-repair, а он мне сказал, что в режиме "Secure boot" можно запускать только 64-разрядную убунту и отказался восстанавливать efi-раздел.
У меня было то же самое.
А вот только что произошло практически чудо. Я описывал как ставил систему на ноутбук Asus EeePC 1015BX с установкой Grub на 16 МБ карточку во встроенном кардридере. Несколько дней назад проводил обновление системы с обновлением ядра и граба. Оказалось, что граб по умолчанию установился на диск с Виндой и теперь загрузчик нормально работает без карточки прямо с защищённого диска, что ранее отказывался делать категорически. Винда7 тоже не пострадала.
ivm ®, не могли бы вы сообщить, какая версия GRUB стала после обновления?
