ub-sp, если пакеты неправильно установились, при установке произошел сбой, то они должны быть помечены как сбойные (с ошибкой). С синаптика можно откатывать пакеты на прошлые версии. Также существует консольная утилита, aptitude, позволяющая решать многие конфликты пакетов, откатывать версии и.д.. По некоторым возможностям превосходит синаптик.