Удалось найти решение. Правда, надо качать пакетов на 50 Мб.
Установил программу Calibre - читалка стала распознаваться нормально: монтируются два диска, один SETUP (с программой для Windows и Mac OS), другой READER. На диске READER в каталоге /SonyReader/media (если правильно помню, сейчас читалка отключена и лежит далеко) находятся все пользовательские файлы - просто копируем туда книги, а также фото, если надо. Оттуда же на компьютер можно перебросить тексты заметок в формате XML.
Кроме того, с книгами на читалке можно работать и из самой Calibre, причём для начинающих пользователей даже удобнее: не файлы в какую-то папку тащить, а просто книги перемещать по библиотекам в сравнительно удобном графическом интерфейсе.
Таким образом, программу Calibre можно считать заменой фирменной утилиты для читалок Sony.
Видимо, во время установки Calibre дополнительно установился какой-то необходимый компонент или были произведены некоторые автоматические настройки, благодаря которым диск читалки стал открываться в Caja.
----------------------------------------------------------------------
Скорее всего, программа Calibre подойдёт для работы со многими другими читалками, потому что в настройках подключаемых устройств список производителей достаточно велик. Итак, Calibre - наверное, универсальный инструмент для работы как с книгами в электронной форме, так и с электронными читалками.