Попробую сравнить функциональность PCManFM и Caja сегодня вечером.
Функциональность ФМ особо не ставнивал, т.к. не работаю однопанельные ФМ в повседневной жизни (вместо них использую DoubleCmd).
1. PCManFM более компактный по высоте.
2. Потребление памяти (вроде) не существенное для обоих файловых менеджеров.
3. Если переместить видео файл из ФМ в vlc то он открывается. Это работает в обоих ФМ. То же и для Drag and Drop аудио файлов в DeaDBeef.
4. Дополнительной (второй) панели в PCManFM нет, в Caja есть (по F3).
5. Вкладки есть в обоих.
6. Закладки (для быстрого доступа) тоже есть в обоих.
Резюме: по моему разницы особой между ними нет.
Согласен и с ivm и с Пользователем что выбор уже сделан (Caja), но надо разобраться с возникшими проблемами.