проц (оба ядра) загружен на 43-45%% чему был сильно удивлен
Skype может "тормозить" и на более мощных конфигурациях - это известная проблема.
Может быть ядро обновить поможет?
Как правило, каждое новое ядро (имею ввиду штатные, использующиеся в Ubuntu) потребляет ресурсов больше, чем предыдущее. Обновление явно не спасёт, а скорее ухудшит ситуацию. Но вы можете попробовать, для начала версию
3.2.
