Не хватает заголовка в первом сообщении:
Отображение индикатора раскладки клавиатуры в виде флага
И 40*40 - это не предел, просто не стоит делать более так как обычно размер значков на панели используется небольшого размера, поэтому большие картинки могут повлиять на стабильность системы.
Также можно сказать, что отображение флагов можно отключить, и снова раскладка будет отображаться в виде букв.
PS: если захотите сами нарисовать значки, то лучше в svg - они при масштабировании не ухудшаются.
http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=84817.0